Koukám že je tu plno zmatků z nevědomosti. Takže jako programátor to vysvětlím.
Minecraft je psán v Javě. Java má otevřený zdrojový kód a každý si ho může upravit i pomocí klasického packovacího souboru a poznámkového bloku. Takto se vytvářejí i módy. Bukkit je jen oficiální klient upravený pro snazší úpravu, protože autoři oficiálního serverového klienta funkce a procedury všemožně přejmenovávají a maskují, aby se nedal jen tak změnit. Zkušenému programátorovi nedělá problém napsat plugin i na originální server, ale s Bukkitem je to jednodušší.
To samé co o serverovém klientovi platí i o herním klientovi pomocí kterého hrajeme. Zkušený programátor tak může několika příkazy celé přihlašování obejít. Kdyby chtěl, může si celou hru kompletně předělat na cokoliv chce. Třeba na internetový prohlížeč

. Takže klient minecraft.jar (který se dá používat i na Linuxu) je to samé co minecraft.exe. Minecraft.exe je jen zkompilovaný minecraft.jar pro operační systém Windows. Místo něj se ale dá spouštět i minecraft.jar.
Jediné co tedy člověk, který chce udělat cracklou verzi musí udělat je upravit několik řádků kódu kde se kontroluje pravost účtu přes internet a nahradit to políčkem pro zadání jména bez potvrzování hesla. Práce tak maximálně na hodinu.