deaktivovat mod lze jen buď jeho smazáním , nebo třeba že ho přejmenuješ tak, že ho server nepozná (místo forestry.jar to změníš třeba na forestry.jar.disabled , pro server to pak nebude soubor správnýho typu a vynechá ho). Pro server je to ale se zcela identickými následky, všechny věci z toho modu budou násilně ze hry smazány, neboť je server už nebude znát. Opětovné vrácení modu sice znovu umožní ty věci mít a používat, ale již to nevrátí to, co se smazalo, stejně tak jako nebude ve světě to, co se vygenerovalo původně (musel bys buď přemazat mapu nebo jít do nových chunků).
Jediná věc, jak zamezit používání věcí z nějakého modu, aniž by ty věci zcela zmizely, je jim odebrat všechny recepty, například přes minetweaker. Ale je to teoreticky piplačka a stejně to nezamezí používání věcí, které se získávají jinak, než craftěním.
PS: Zrovna Forestry je super mod, to bych z toho Legends raději odebral všechny thermal expansiony a tak, než forestry

ale to už je na tobě. Pokud tam nějaký mod nechceš, doporučuji ti prostě si udělat vlastní modpack obsahující jen to, co chceš

Přes Technic Launcher pak jde takový modpack jednoduše distribuovat hráčům a můžeš si tam dělat věci zcela na míru tvému serveru. Kdybys k tomu chtěl vědět víc a tak, tak mi klidně napiš, už to několik let dělám taky.