Taky zodpovím

:
1) Pokud si chceš vytvořil Vanilla server (server bez veškerých modifikací), nemůžeš použít ten z minecraft.net, protože tady lze použít pouze CraftBukkit, kvůli luginu FakaHedaMinequery.
FakaHedaMinequery je plugin pro kontrolu, zda-li je na serveru nastaveno opravdu tolik slotů, kolik má být
Samozřejmě, že jinak nemusíš mít žádné pluginy. Jen tento

2) NoLagg, když už ho opravdu chceš, tak pro více slotů. 10 slotů rozhodně nepotřebuje NoLagg. Naopak, on možná laguje víc, než všechno ostatní na serveru, což je paradox.
3) Když do ops.txt napíšeš své jméno, budeš mít oprávnění na veškeré CraftBukkit příkazy. To jest příkazy zabudované v serveru (zjistíš je, když napíšeš /help, to jsou ty zabudované)
Pokud budeš chtít mít více příkazů nebo funkcí, potřebuješ nějaký plugin. Na to abys ten plugin mohl využívat, potřebuješ nějaký permission plugin. Návod najdeš v návodech.
4) Když zapneš Whitelist, přihlásí se tam pouze hráči se jménem, které je na Whitelistu napsáno.
5) Spawn budeš moci nastavit pomocí nějakého pluginu. Pokud si nechceš server zaplácávat dalšími příkazy, které tedy nechceš, protože chceš vanilla, tak si na server nainstaluj toto:
http://forums.bukkit.org/threads/admn-p ... -1-3.2936/Instalace: Přetáhni ten sobubor s příponou .jar do složky plugins na serveru, restartuj server a použij příkaz /setspawn tam, kde chceš aby ten spawn byl
6) Měl byses obejít bez větších problémů. Na server se tím pádem dostanou jen ti lidé, kteří jsou zapsaní na whitelistu.
7) CraftBukkit je upravený Minecraft server aby se dostalo na využití věcí, které Minecraft nabízí. Barevné cedule, Chat - příkazy, spawnování mobů, změna bloků. To všechno dovoluje CraftBukkit. A právě toho využívají právě různé pluginy, které si na server nainstaluješ.
Je samozřejmé, že CraftBukkit bývá vydávané relatvině včas jako Minecraft verze. Jsou samozřejmě vydáváné další updaty toho CraftBukkitu, které přináší mnoho nového, často oprvy chyb a vylešpení ohledně výkonu a paměti, které ovlivňují chod serveru.
A jak to tak bývá, jsou vydávány nestabilní a i stabilní sestavy. Všechny najdeš tady:
http://dl.bukkit.org/downloads/craftbukkit/Recomennded Build je ten doporučený - kvalitní
Beta build je ten no střední

A Development build je sestava, která je ve vývoji a následně na další verzi jsou vydávany další lepší sestavy.
Snad ti tento sáhodlouhý článek vysvětlil ještě o něco víc než zdendův článek

Btw.: Zdendo, existuje ještě CommandBook, AdminCMD a další. A to nejsem Sejsel.