Takže...
Hlavní nastavení serveru (název, popis, parametry apod.) se řídí tím, co máš u serveru zadáno tady u Fakahedy v Control Panelu.
Případně podrobněji se to řeší nastaveními ve startovacím skriptu (viz jiné téma tady ve fóru o nastavování serveru kde je to popsáno dostatečně podrobně).
Maplist se ukládá automaticky, a měl by po startu serveru být takový, jaký byl při vypnutí. Pokud opravdu není, a nemáš nějaké nastavení týkající se map ve startovacím skriptu, pošli mail adminům Fakahedy, aby se ti na to koukli.
V proconu po změně maplistu zkontroluj na záložce konzole, jestli odpověď serveru na příkaz mapList.save byla "OK" nebo něco jiného.
S restartama serverů to opravdu není tak horké, pokud nespadne sám, tak ho restartuju jen když vyjde mappack
Edit: ty děláš maplist v proconu v nějakým pluginu pro "mixed mode"? pokud jo, tak to se pak nedivím, že po restartu to máš jinak. Server "mixed" seznam nepodporuje, takže plugin neustále mění maplist podle toho, jaká mapa je zrovna na řadě, a po restartu serveru, dokud zase plugin nepojede, tam bude poslední takový použitý dílčí maplist.